Microbiote et santé globale

Le microbiote intestinal est devenu l'un des sujets les plus médiatisés de la santé digestive. On lui attribue parfois presque tout : digestion, immunité, poids, humeur, sommeil, énergie, peau ou santé mentale.

Une partie de cet intérêt est scientifiquement fondée. Le microbiote intestinal regroupe des milliards de micro-organismes qui vivent dans le tube digestif et participent à de nombreuses fonctions biologiques. L'Inserm rappelle notamment leurs rôles dans la digestion de certains composés alimentaires, la production de métabolites, l'éducation du système immunitaire et la protection de l'écosystème intestinal.

Mais un domaine de recherche très actif ne signifie pas qu'il existe déjà un test, un complément ou un régime capable d'« optimiser son microbiote » de façon personnalisée et validée pour chaque problème de santé.

La bonne approche consiste donc à distinguer :

• ce que l'on sait avec un niveau de preuve solide ;
• ce que l'on observe comme association ;
• ce qui reste expérimental ;
• et ce qui relève surtout du marketing.

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal correspond à l'ensemble des micro-organismes présents dans notre tube digestif.

Il comprend notamment :

• bactéries ;
• virus ;
• champignons ;
• archées.

Sa composition varie fortement d'une personne à l'autre.

Elle dépend notamment :

• de l'âge ;
• de l'alimentation ;
• des médicaments ;
• des infections ;
• du mode de vie ;
• de l'environnement ;
• de l'histoire individuelle.

Il n'existe donc pas un microbiote idéal unique que tout le monde devrait chercher à reproduire.

Microbiote et microbiome : quelle différence ?

Les deux mots sont souvent employés comme des synonymes.

De manière simplifiée :

• microbiote désigne les micro-organismes présents dans un environnement ;
• microbiome peut désigner leur matériel génétique et, selon les usages scientifiques, l'écosystème plus largement étudié.

Dans la pratique grand public, les deux termes sont souvent mélangés.

Ce point de vocabulaire n'est pas essentiel pour prendre soin de sa digestion, mais il aide à comprendre pourquoi certains tests commerciaux parlent de « séquençage du microbiome ».

À quoi sert réellement le microbiote intestinal ?

Le microbiote participe à plusieurs fonctions.

Transformer certains composés alimentaires

Des bactéries intestinales fermentent notamment des substances que nos propres enzymes digèrent mal ou pas complètement.

Cette fermentation produit différents métabolites.

Parmi eux, certains acides gras à chaîne courte sont étudiés pour leurs rôles dans :

• la physiologie intestinale ;
• le métabolisme ;
• les interactions avec l'immunité.

Participer à l'effet barrière de l'intestin

L'écosystème intestinal participe à la compétition avec certains micro-organismes potentiellement pathogènes.

Interagir avec le système immunitaire

Le microbiote joue un rôle dans la maturation et la régulation de certaines réponses immunitaires.

Communiquer avec l'organisme

Les produits issus de l'activité microbienne peuvent interagir avec :

• la muqueuse intestinale ;
• le système immunitaire ;
• le système nerveux ;
• différents organes.

Ces fonctions expliquent pourquoi la recherche sur le microbiote dépasse largement la seule digestion.

Pourquoi parle-t-on de « dysbiose » ?

Le terme dysbiose désigne une modification de l'écosystème microbien associée à une situation de santé ou de maladie.

Le problème est qu'il est souvent utilisé beaucoup plus largement dans les discours commerciaux.

On peut facilement lire :

« Vous êtes fatigué, donc votre microbiote est déséquilibré. »

ou :

« Cette analyse montre une dysbiose responsable de vos symptômes. »

En clinique, la situation est beaucoup plus complexe.

Une différence de microbiote n'est pas automatiquement une cause

Des chercheurs peuvent observer qu'un groupe de patients présente un microbiote différent d'un groupe témoin.

Cela ne permet pas toujours de savoir si cette différence :

• contribue à la maladie ;
• est une conséquence de la maladie ;
• dépend des médicaments ;
• dépend de l'alimentation ;
• ou reflète plusieurs facteurs à la fois.

L'association n'est pas automatiquement une causalité.

Existe-t-il un « bon » microbiote ?

Pas sous la forme d'une composition universelle.

Certaines caractéristiques comme la diversité microbienne sont souvent étudiées, mais plus de diversité n'est pas automatiquement synonyme de meilleure santé dans toutes les situations.

Le microbiote dépend également :

• de la géographie ;
• des habitudes alimentaires ;
• de l'âge ;
• de l'environnement.

Un test qui compare votre échantillon à une base de données ne peut donc pas forcément conclure :

« votre microbiote est à 68 % optimal ».

Ce type de score mérite d'être interprété avec prudence.

Les tests commerciaux du microbiote permettent-ils de diagnostiquer des troubles digestifs ?

En général, ils ne remplacent pas un diagnostic médical.

Un test de microbiote vendu directement au consommateur peut produire beaucoup d'informations descriptives :

• présence relative de certaines bactéries ;
• diversité ;
• comparaison avec une population de référence.

Mais ces données ne permettent pas nécessairement de diagnostiquer :

• syndrome de l'intestin irritable ;
• maladie cœliaque ;
• maladie inflammatoire ;
• intolérance alimentaire ;
• cause d'une douleur abdominale.

Si vous présentez des symptômes persistants, la priorité reste l'évaluation clinique.

Le microbiote explique-t-il le syndrome de l'intestin irritable ?

Il fait partie des mécanismes étudiés, mais il n'en constitue pas une explication unique.

Le syndrome de l'intestin irritable fait aujourd'hui partie des troubles de l'interaction intestin-cerveau.

Plusieurs mécanismes peuvent intervenir :

• motricité ;
• hypersensibilité viscérale ;
• microbiote ;
• facteurs immunitaires ;
• traitement nerveux des signaux digestifs ;
• stress.

Le microbiote est donc une pièce du puzzle, pas nécessairement le puzzle entier.

Pour comprendre ce cadre, consultez Comprendre les troubles digestifs fonctionnels.

Quel lien entre microbiote et alimentation ?

L'alimentation constitue l'un des facteurs qui influencent le microbiote.

Les fibres, par exemple, fournissent des substrats fermentescibles à certaines bactéries.

Une alimentation variée comprenant selon la tolérance :

• légumes ;
• fruits ;
• légumineuses ;
• céréales complètes ;
• fruits à coque ;

apporte différentes fibres et composés utilisables par l'écosystème intestinal.

Faut-il manger « le plus de fibres possible » ?

Non.

Les besoins et la tolérance varient.

Chez une personne qui souffre de :

• syndrome de l'intestin irritable ;
• ballonnements importants ;
• constipation ;

le type de fibres et la progression peuvent être aussi importants que la quantité.

Une augmentation brutale peut majorer :

• gaz ;
• distension ;
• douleur.

L'accompagnement doit donc rester individualisé.

Prébiotiques et probiotiques : quelle différence ?

Ces termes sont souvent confondus.

Prébiotiques

Ce sont des substrats utilisés sélectivement par certains micro-organismes et pouvant produire un bénéfice pour l'hôte.

Certaines fibres alimentaires possèdent des propriétés prébiotiques.

Probiotiques

Ce sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantité adéquate, peuvent procurer un bénéfice pour la santé.

Le point essentiel

Tous les probiotiques ne sont pas interchangeables.

Les effets éventuels dépendent :

• de la souche ;
• de la dose ;
• de l'indication ;
• de la durée ;
• du produit.

Dire simplement :

« prenez des probiotiques pour améliorer votre microbiote »

est beaucoup trop vague.

Les probiotiques améliorent-ils le syndrome de l'intestin irritable ?

Certaines recommandations permettent un essai limité dans certaines situations.

L'Assurance Maladie précise qu'un probiotique peut être utilisé pendant une durée déterminée afin d'évaluer l'amélioration des symptômes.

Cela ne signifie pas que :

• tous les probiotiques fonctionnent ;
• ils guérissent le SII ;
• un produit efficace chez une personne fonctionnera chez une autre.

Un essai doit idéalement avoir :

• un objectif ;
• une durée ;
• un critère d'évaluation.

Sinon, on peut prendre indéfiniment un produit sans savoir s'il apporte réellement quelque chose.

Les aliments fermentés sont-ils forcément bons pour le microbiote ?

Ils peuvent faire partie d'une alimentation variée, mais ils ne constituent pas une obligation thérapeutique.

Yaourt, kéfir, choucroute ou autres produits fermentés n'ont pas tous :

• les mêmes micro-organismes ;
• les mêmes concentrations ;
• les mêmes preuves cliniques.

Un aliment fermenté n'est pas automatiquement un « probiotique » au sens scientifique.

Et une personne souffrant de troubles digestifs peut ne pas tolérer certains de ces aliments.

Les antibiotiques « détruisent-ils » le microbiote ?

Les antibiotiques peuvent modifier significativement la composition du microbiote intestinal.

Mais le mot « détruire » est excessif.

Leur effet dépend notamment :

• de la molécule ;
• de la durée ;
• de la répétition des traitements ;
• de la personne.

Faut-il éviter un antibiotique pour protéger son microbiote ?

Non lorsqu'il est médicalement nécessaire.

Le bon usage consiste à :

• ne pas prendre d'antibiotique sans indication ;
• respecter la prescription ;
• ne pas arrêter arbitrairement le traitement ;
• discuter avec le médecin ou le pharmacien en cas de question.

La protection abstraite du microbiote ne doit pas empêcher le traitement d'une infection qui nécessite un antibiotique.

Le microbiote peut-il influencer le cerveau ?

L'intestin et le cerveau communiquent de manière bidirectionnelle.

L'Inserm décrit plusieurs voies possibles :

• système nerveux entérique ;
• nerf vague ;
• molécules produites par les micro-organismes ;
• voies endocrines ;
• voies immunitaires.

C'est ce que l'on appelle souvent l'axe intestin-cerveau.

Est-ce que cela signifie que les probiotiques traitent l'anxiété ou la dépression ?

Non.

Passer de :

« il existe des interactions intestin-cerveau »

à :

« modifier le microbiote traite une maladie psychiatrique »

serait un saut beaucoup trop important.

Les recherches sur ces interactions sont actives, mais elles ne justifient pas de remplacer une prise en charge psychiatrique ou psychologique par des compléments destinés au microbiote.

Le microbiote influence-t-il le sommeil ?

Des associations entre microbiote et sommeil sont étudiées.

Le sommeil peut lui-même être lié :

• au rythme circadien ;
• à l'alimentation ;
• au stress ;
• à l'activité physique.

Mais il serait prématuré de conclure qu'une insomnie signifie :

« microbiote déséquilibré ».

Un trouble du sommeil doit être évalué selon ses causes possibles propres.

Le microbiote peut être un champ de recherche intéressant sans devenir une explication universelle.

Le microbiote influence-t-il l'immunité ?

Il existe des interactions importantes entre microbiote et système immunitaire.

Le microbiote participe notamment à l'éducation de certaines réponses immunitaires et au maintien de l'écosystème intestinal.

Mais cela ne signifie pas qu'il suffit de :

• prendre un complément ;
• manger un aliment précis ;
• « booster le microbiote »

pour renforcer globalement ses défenses contre toutes les maladies.

Les affirmations immunitaires doivent être particulièrement prudentes.

Peut-on « réparer la perméabilité intestinale » ?

La barrière intestinale est une réalité biologique.

Certaines maladies peuvent effectivement modifier sa perméabilité.

Mais l'expression « intestin perméable » est souvent utilisée de manière très large pour expliquer :

• fatigue ;
• douleurs ;
• peau ;
• anxiété ;
• brouillard mental ;
• intolérances multiples.

Un praticien qui affirme pouvoir diagnostiquer une « perméabilité intestinale » à partir d'un simple questionnaire puis la « réparer » avec un protocole standard dépasse largement ce que permettent les données disponibles.

Que penser des compléments « microbiote » ?

Prudence.

Un complément alimentaire n'est pas évalué comme un médicament avant sa commercialisation.

L'ANSES recommande de rester vigilant face aux compléments, notamment :

• interactions ;
• effets indésirables ;
• composition ;
• populations à risque.

Un complément n'est pas automatiquement inutile

Mais il doit répondre à une question précise.

Avant d'en prendre :

• quelle souche ou substance ?
• pour quel symptôme ?
• quelle preuve ?
• pendant combien de temps ?
• quels risques ou interactions ?

Une boîte qui promet simplement « microbiote équilibré » répond mal à ces questions.

Peut-on améliorer son microbiote « naturellement » ?

On peut adopter des habitudes favorables à la santé digestive générale.

Mais il vaut mieux éviter de présenter cela comme une transformation garantie du microbiote.

Des leviers raisonnables incluent :

• alimentation suffisamment variée ;
• apport de fibres adapté à la tolérance ;
• activité physique régulière ;
• sommeil ;
• réduction du tabac ;
• usage approprié des antibiotiques.

Ce sont surtout de bonnes habitudes de santé.

Leur valeur ne dépend pas de la possibilité de mesurer chaque changement microbien.

Faut-il suivre un régime très diversifié à tout prix ?

La variété alimentaire est généralement intéressante.

Mais elle ne doit pas devenir une nouvelle performance :

« je dois manger 40 plantes différentes chaque semaine sinon mon microbiote se dégrade ».

Chez une personne avec des symptômes digestifs, introduire brutalement de nombreux aliments fermentescibles peut même augmenter la gêne.

La diversité doit rester :

• progressive ;
• tolérable ;
• compatible avec les besoins et le contexte médical.

Quand faut-il consulter pour des symptômes digestifs plutôt que travailler seul sur son microbiote ?

Consultez notamment lorsque vous présentez :

• perte de poids involontaire ;
• sang dans les selles ;
• selles noires ;
• vomissements répétés ;
• douleurs importantes ;
• fièvre ;
• changement récent marqué du transit ;
• symptômes persistants ;
• difficultés à avaler.

Le guide Digestion difficile : quand consulter ? donne des repères plus détaillés.

Quel rôle peut avoir un diététicien ?

Si le problème porte surtout sur :

• l'alimentation ;
• les fibres ;
• les restrictions ;
• la tolérance digestive ;
• un syndrome de l'intestin irritable déjà évalué ;

un diététicien peut aider à construire une stratégie nutritionnelle cohérente.

Sur Holia, vous pouvez consulter les profils de nutritionnistes, dont certains sont des diététiciens-nutritionnistes.

Le titre de diététicien étant réglementé, vérifiez le diplôme et le statut affichés sur la fiche.

Notre guide Comment un diététicien peut accompagner le confort digestif ? explique son rôle.

Quelle place pour la naturopathie autour du microbiote ?

La naturopathie est souvent sollicitée autour :

• de l'alimentation ;
• du mode de vie ;
• du confort digestif ;
• des compléments.

Elle peut proposer un accompagnement de bien-être.

Mais un naturopathe n'est pas le professionnel chargé de diagnostiquer une maladie digestive, une dysbiose clinique ou une intolérance alimentaire.

Soyez particulièrement prudent face aux promesses de :

• « réparer l'intestin » ;
• traiter une maladie par des compléments ;
• remplacer un bilan médical ;
• supprimer plusieurs catégories alimentaires sans diagnostic.

Si vous choisissez ce type d'accompagnement, la bonne logique reste :

médecin lorsque les symptômes doivent être évalués → accompagnement complémentaire ensuite si vous le souhaitez.

Et si le stress aggrave beaucoup les symptômes ?

Lorsque la digestion a été correctement évaluée et que stress, anxiété ou hypervigilance jouent un rôle important, un psychologue peut aider à travailler :

• ruminations ;
• peur des symptômes ;
• évitements ;
• rapport aux sensations corporelles.

Pour une approche complémentaire centrée sur la relaxation, un sophrologue peut également être envisagé, sans remplacer le suivi médical ou nutritionnel.

Vous pouvez ensuite chercher un praticien près de chez vous sur Holia.

Comment reconnaître une promesse douteuse autour du microbiote ?

Soyez prudent lorsque quelqu'un affirme :

• qu'un test unique révèle la cause de tous vos symptômes ;
• que votre microbiote est « toxique » ;
• qu'un protocole universel va le « réinitialiser » ;
• qu'une liste longue de compléments est indispensable ;
• qu'il faut supprimer plusieurs aliments avant tout diagnostic ;
• que les médecins « ne connaissent rien au microbiote » ;
• que l'amélioration est garantie en quelques semaines.

Un discours scientifique sérieux accepte généralement :

• l'incertitude ;
• les limites des connaissances ;
• la différence entre association et causalité.

Une démarche simple si vous voulez « prendre soin de votre microbiote »

Commencez par des questions beaucoup moins spectaculaires :

Mon alimentation est-elle suffisamment variée ?

Sans recherche de perfection.

Est-ce que je tolère correctement les fibres que je consomme ?

Sans augmentation brutale.

Ai-je des symptômes digestifs nécessitant une vraie évaluation ?

Si oui, le médecin passe avant les compléments.

Est-ce que je prends des produits dont je ne connais pas l'utilité réelle ?

Réévaluez-les.

Est-ce que mon objectif est mesurable ?

Par exemple :

« moins de ballonnements »

est plus utile que :

« équilibrer mon microbiote ».

Vous transformez ainsi un objectif biologique très abstrait en décisions concrètes.

Sources et références

• Inserm - Microbiote intestinal (flore intestinale) (ouvre un site externe)
• Rome Foundation - What is a Disorder of Gut-Brain Interaction (DGBI)? (ouvre un site externe)
• NIDDK - Symptoms & Causes of Irritable Bowel Syndrome (ouvre un site externe)
• Assurance Maladie - Syndrome de l'intestin irritable : la consultation médicale et le traitement (ouvre un site externe)
• Assurance Maladie - Syndrome de l'intestin irritable : que faire et quand consulter ? (ouvre un site externe)
• ANSES - Les compléments alimentaires, nécessité d'une consommation éclairée (ouvre un site externe)