Publié le 17 min de lecture
Facturation électronique : ce qui change vraiment pour les kinésithérapeutes en 2026
Depuis le 1er septembre 2026, les kinésithérapeutes doivent pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs. Leurs actes de soins exonérés de TVA restent toutefois hors du champ de l’émission obligatoire. Activités accessoires, micro-entreprise, PDF par mail et plateforme agréée : le point sur les règles.
Depuis le 1er septembre 2026, la facturation électronique est devenue une réalité pour les entreprises françaises.
Pour les kinésithérapeutes, cette réforme crée pourtant une situation qui peut sembler contradictoire.
Un professionnel exerçant uniquement des actes de soins exonérés de TVA n’a pas à envoyer ses factures de soins par le nouveau circuit de facturation électronique.
Mais il doit tout de même être capable de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs.
Et s’il exerce en parallèle une activité accessoire soumise à la TVA, certaines de ses opérations peuvent cette fois entrer dans le dispositif.
La différence tient donc moins au métier qu’à la nature exacte de chaque opération.
C’est précisément ce que rappelle le Conseil national de l’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes dans une mise au point publiée le 20 août 2026.
La réforme ne signifie pas que toutes les notes d’honoraires remises aux patients doivent désormais passer par une plateforme.
Elle ne signifie pas non plus qu’un professionnel qui ne collecte pas de TVA est automatiquement hors du dispositif.
Pour comprendre les nouvelles obligations, il faut distinguer trois choses :
l’exonération de TVA attachée aux actes de soins ;
la franchise en base de TVA ;
et les éventuelles activités accessoires exercées en plus des soins.
Qu’est-ce qui a changé le 1er septembre 2026 ?
La réforme française de la facturation électronique est entrée dans sa première phase le 1er septembre 2026.
Depuis cette date, toutes les entreprises concernées doivent pouvoir recevoir des factures électroniques.
Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent également émettre leurs factures dans le nouveau format et transmettre les données prévues à l’administration.
Pour les petites entreprises, TPE, micro-entreprises et la plupart des professions libérales indépendantes, l’obligation générale d’émission intervient le 1er septembre 2027.
Le calendrier est donc progressif.
Mais pour un cabinet de kinésithérapie, lire uniquement les dates ne suffit pas.
Certaines opérations de soins sont en effet placées hors du champ de l’émission électronique parce qu’elles bénéficient d’une exonération de TVA prévue par le Code général des impôts.
Les soins de kinésithérapie sont-ils soumis à la TVA ?
En principe, non lorsqu’ils sont réalisés dans le cadre de la profession réglementée et répondent aux conditions de l’exonération applicable aux soins.
Le Conseil national de l’Ordre rappelle que les soins dispensés par les masseurs-kinésithérapeutes bénéficient de l’exonération prévue par l’article 261 du Code général des impôts.
Cette distinction fiscale est essentielle pour la nouvelle réforme.
L’administration précise que les opérations exonérées de TVA en application des articles 261 à 261 E du Code général des impôts sont hors du champ de la facturation électronique en émission et du e-reporting correspondant.
Un kinésithérapeute qui réalise uniquement de tels actes n’a donc pas à transformer, à compter de septembre 2027, chaque facture ou note d’honoraires de soin en facture électronique transmise par une plateforme agréée.
Ses soins exonérés restent hors de ce circuit.
Pourquoi doit-il quand même recevoir des factures électroniques ?
Parce que la situation du kinésithérapeute en tant que fournisseur de soins n’est pas la même que sa situation en tant qu’acheteur professionnel.
Le cabinet peut recevoir des factures pour :
du matériel ;
des consommables ;
un abonnement logiciel ;
des fournitures ;
du mobilier ;
une prestation informatique ;
un service comptable ;
ou d’autres dépenses professionnelles.
Si le fournisseur doit émettre sa facture dans le nouveau circuit, le kinésithérapeute doit être capable de la recevoir.
La Direction générale des Finances publiques précise explicitement qu’un professionnel réalisant des opérations exonérées reste concerné en tant qu’acheteur professionnel lorsque ses fournisseurs lui adressent des factures entrant dans le champ de la réforme.
C’est donc le principal changement immédiat pour un kinésithérapeute exerçant uniquement des soins exonérés :
depuis le 1er septembre 2026, il doit disposer d’un canal permettant de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs.
Une facture électronique, est-ce simplement un PDF envoyé par mail ?
Non.
C’est probablement l’une des confusions les plus fréquentes.
Une facture au format PDF jointe à un courriel est numérique.
Mais elle n’est pas nécessairement une facture électronique au sens de la réforme.
L’administration fiscale précise qu’une facture électronique doit :
être émise, transmise et reçue sous une forme dématérialisée ;
comporter un socle de données structurées ;
et être adressée au client par l’intermédiaire d’une plateforme agréée.
Un PDF classique généré depuis un logiciel bureautique puis envoyé directement par mail ne répond donc pas à cette définition.
La réforme ne consiste pas simplement à supprimer le papier.
Elle modifie aussi le circuit technique par lequel certaines factures circulent.
Qu’est-ce qu’une plateforme agréée ?
Il s’agit d’un opérateur immatriculé par l’administration fiscale.
La plateforme sert notamment à :
émettre et transmettre les factures électroniques ;
recevoir celles adressées à l’entreprise ;
extraire les données réglementaires ;
et transmettre à l’administration les informations prévues lorsque l’opération entre dans le dispositif.
L’administration publie une liste officielle des plateformes agréées.
Depuis septembre 2026, un cabinet concerné par la réception doit donc avoir organisé cette réception par l’intermédiaire d’une solution adaptée.
Le kinésithérapeute n’a pas nécessairement à changer tout son logiciel métier.
Certaines solutions de gestion peuvent être compatibles avec une plateforme agréée ou s’y connecter.
L’important est de vérifier comment les factures entrantes sont effectivement reçues et accessibles.
Faut-il choisir une plateforme même si l’on ne facture que des soins exonérés ?
Oui, pour être en capacité de recevoir les factures électroniques qui lui sont adressées en tant que professionnel.
C’est précisément la recommandation du Conseil national de l’Ordre.
Pour un kinésithérapeute dont l’activité est constituée uniquement de soins exonérés, la réforme ne crée donc pas une obligation générale de faire passer ses honoraires patients par cette plateforme.
La plateforme sert surtout, dans cette configuration, à la réception des factures fournisseurs.
Cette nuance évite deux erreurs opposées.
La première serait de croire :
« mes soins sont exonérés, donc la réforme ne me concerne absolument pas ».
La seconde :
« je suis kinésithérapeute, donc toutes mes factures patients doivent désormais passer par la facturation électronique ».
Aucune de ces deux phrases n’est correcte.
Que se passe-t-il lorsqu’un kiné exerce aussi une activité accessoire ?
C’est là que la situation peut devenir plus complexe.
Un kinésithérapeute peut exercer, à côté de ses soins, d’autres activités dont le traitement fiscal n’est pas nécessairement identique.
Selon leur nature, certaines prestations ou ventes peuvent être soumises à la TVA.
Dans ce cas, il faut distinguer les opérations une par une.
Les soins relevant de l’exonération de l’article 261 restent hors du champ de l’émission électronique.
Une activité taxable peut, elle, entrer dans le champ de la réforme.
Le Conseil national de l’Ordre recommande donc aux professionnels d’identifier clairement s’ils réalisent :
uniquement des actes de soins exonérés ;
ou également des prestations accessoires susceptibles d’être soumises à TVA.
Cette vérification est importante avant de paramétrer un logiciel ou une plateforme.
Une vente de produits peut-elle changer la situation ?
Potentiellement oui.
La vente de biens n’est pas automatiquement couverte par l’exonération applicable aux soins du kinésithérapeute.
Il faut alors regarder la nature de l’activité, son régime fiscal et la situation du client.
La même logique peut concerner d’autres activités distinctes du soin.
Mais il faut éviter les listes trop automatiques.
Une formation, une prestation en entreprise ou une activité accessoire peut elle-même relever de règles fiscales particulières.
Le fait qu’une activité soit « différente du soin » ne suffit donc pas à déterminer seul son traitement.
Lorsqu’un cabinet exerce plusieurs activités, l’analyse doit être faite avec précision, idéalement avec l’expert-comptable ou le conseil fiscal qui connaît le dossier.
Un micro-entrepreneur est-il dispensé de facturation électronique ?
Non, pas simplement parce qu’il est micro-entrepreneur.
C’est une autre confusion fréquente.
Le régime de la micro-entreprise et la franchise en base de TVA ne doivent pas être confondus avec l’exonération attachée à certaines opérations de santé.
L’administration fiscale précise qu’un professionnel en franchise en base, qui émet des factures sans TVA, reste concerné par la réforme pour ses opérations taxables entrant dans son champ.
Autrement dit :
ne pas facturer de TVA ne signifie pas automatiquement être hors de la facturation électronique.
Un micro-entrepreneur réalisant une activité taxable mais bénéficiant de la franchise en base reste concerné selon le calendrier prévu.
À l’inverse, un acte de soin exonéré par nature en application de l’article 261 est hors du champ de l’émission électronique.
La raison juridique n’est pas la même.
Pourquoi cette différence entre franchise et exonération est-elle si importante ?
Parce que les deux situations produisent visuellement des factures sans TVA.
Pourtant, elles n’ont pas les mêmes conséquences dans la réforme.
Dans la franchise en base, l’activité est normalement dans le champ de la TVA, mais l’entreprise bénéficie d’un régime qui la dispense de la collecter sous certaines conditions.
Dans une exonération prévue par l’article 261, l’opération elle-même bénéficie d’une exonération spécifique.
La DGFiP indique donc que les franchisés en base sont concernés par le dispositif, alors que les opérations exonérées au titre des articles 261 à 261 E sont hors du champ de l’émission et du e-reporting.
Pour un cabinet pluriactif, cette distinction peut être déterminante.
Les factures remises aux patients doivent-elles changer ?
Pour les actes de soins exonérés entrant dans le cadre décrit par l’Ordre, la réforme n’impose pas leur passage dans le circuit de facturation électronique.
Le professionnel doit évidemment continuer à respecter les règles déjà applicables à ses documents et à sa comptabilité.
Mais le simple démarrage de la réforme le 1er septembre 2026 ne transforme pas chaque justificatif remis à un patient en facture électronique structurée.
C’est particulièrement important pour les cabinets qui travaillent principalement avec des particuliers.
Le nouveau dispositif vise des flux fiscaux précis.
Il ne faut pas confondre dématérialisation générale, logiciel métier et obligation fiscale de e-invoicing.
Et si une activité taxable est facturée à un particulier ?
Dans ce cas, on ne parle généralement pas de facturation électronique B2B au sens strict, puisque le client n’est pas une entreprise française assujettie à la TVA.
Selon la situation, l’opération peut cependant relever du e-reporting, c’est-à-dire de la transmission de certaines données de transaction ou de paiement à l’administration.
Pour les petites entreprises, TPE, micro-entreprises et professions libérales concernées, ce volet suit en principe le calendrier d’émission applicable à compter du 1er septembre 2027.
Mais là encore, une opération de soin exonérée au sens des articles 261 à 261 E reste hors du champ de cette transmission.
La bonne approche consiste donc toujours à commencer par identifier la nature fiscale de l’opération.
Que doit faire concrètement un kiné depuis septembre 2026 ?
Pour un professionnel réalisant uniquement des actes de soins exonérés, la première étape est relativement simple.
Il doit vérifier qu’il dispose bien d’une solution pour recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs.
Il peut également contrôler que ses informations professionnelles sont correctes, notamment son SIREN, puisque l’identification des entreprises joue un rôle dans l’acheminement des factures.
Le Conseil de l’Ordre recommande également de :
vérifier sa situation au regard de la TVA ;
identifier les éventuelles activités accessoires ;
valider la solution de réception ;
et se rapprocher de son expert-comptable lorsque sa situation comporte plusieurs types d’opérations.
Pour beaucoup de cabinets, le principal travail n’est donc pas de changer la facturation patient.
Il est de mettre en place correctement le nouveau circuit fournisseur.
Que se passe-t-il si le cabinet reçoit encore des PDF par mail ?
Tout dépend du fournisseur et de l’opération.
Depuis le 1er septembre 2026, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre leurs factures électroniques lorsque leurs opérations entrent dans le champ de la réforme.
Ces factures doivent alors arriver par le circuit prévu, via une plateforme agréée.
Les petites entreprises et micro-entreprises disposent encore d’une période transitoire pour l’émission jusqu’au 1er septembre 2027.
Il est donc normal, pendant cette phase, que différents modes de facturation coexistent encore.
Le fait de continuer à recevoir certains PDF ne signifie pas que la réforme ne fonctionne pas.
Tous les fournisseurs ne sont pas encore soumis à la même échéance d’émission.
L’administration sanctionne-t-elle immédiatement les erreurs ?
Le Gouvernement a annoncé au lancement de la réforme une phase d’accompagnement.
Dans son communiqué du 1er septembre 2026, le ministère de l’Économie indiquait que la priorité était la mise en route du dispositif, sans sanction pour les entreprises en 2026.
Cela ne signifie pas que les obligations peuvent être ignorées.
La période doit plutôt servir à corriger les difficultés de déploiement.
Un cabinet qui n’a encore rien organisé a donc intérêt à régulariser rapidement sa réception plutôt qu’à attendre l’échéance suivante.
La réforme est déjà entrée en vigueur.
Est-ce qu’un kiné doit changer de logiciel de facturation ?
Pas nécessairement.
La réforme impose un résultat et un circuit conforme.
Elle n’oblige pas automatiquement à abandonner tous les outils existants.
Un logiciel peut être compatible avec une plateforme agréée.
Il peut intégrer un connecteur.
Il peut proposer lui-même un service reposant sur un opérateur agréé.
Ou le professionnel peut utiliser séparément une plateforme pour la réception des factures fournisseurs.
La bonne question à poser à l’éditeur est donc :
comment votre solution se connecte-t-elle au dispositif officiel de facturation électronique ?
Le simple fait qu’un logiciel sache générer un PDF ne suffit pas.
Peut-on choisir n’importe quelle plateforme ?
Non.
Pour assurer les fonctions réglementaires prévues par la réforme, il faut passer par une plateforme agréée par l’administration fiscale.
La DGFiP publie et met à jour la liste officielle des opérateurs.
Cette vérification est importante parce que de nombreux logiciels utilisent aujourd’hui le vocabulaire de la facturation électronique dans leur communication.
Une « solution compatible » n’est pas nécessairement elle-même la plateforme agréée.
Elle peut fonctionner en partenariat avec l’une d’elles.
Pour un cabinet, ce fonctionnement peut être parfaitement adapté.
Il faut simplement savoir qui assure réellement la transmission réglementaire.
Pourquoi la réforme concerne-t-elle aussi les professions de santé ?
Parce qu’un cabinet de santé reste aussi une structure économique qui achète des biens et des services.
Le fait que les soins soient exonérés de TVA ne supprime pas tous les échanges professionnels autour de l’activité.
Le cabinet loue éventuellement du matériel.
Achète du mobilier.
Souscrit des abonnements.
Paie des prestataires.
Utilise des logiciels.
Tous ces fournisseurs peuvent entrer dans le nouveau circuit.
La réforme est donc invisible du côté de nombreux patients, mais très concrète dans la gestion administrative du cabinet.
Qu’est-ce qui changera encore au 1er septembre 2027 ?
Pour les petites et micro-entreprises concernées, l’étape suivante sera l’obligation d’émettre les factures électroniques pour leurs opérations entrant dans le champ du dispositif et de transmettre les données de e-reporting lorsqu’elles sont requises.
Pour un kinésithérapeute réalisant uniquement des actes de soins exonérés, cette date ne transforme pas ses soins en opérations soumises à e-invoicing.
Ils restent hors du champ en raison de leur exonération.
En revanche, un professionnel ayant une activité taxable distincte devra avoir correctement identifié les opérations concernées.
C’est donc avant 2027 que les cabinets pluriactifs ont intérêt à clarifier leur organisation.
Pourquoi ce sujet est-il plus complexe qu’il n’en a l’air ?
Parce que plusieurs règles se superposent.
Le statut professionnel.
Le régime de TVA.
La nature du client.
La nature de l’opération.
La taille de l’entreprise.
Et le calendrier.
Deux kinésithérapeutes peuvent donc ne pas avoir exactement les mêmes obligations.
Le premier réalise uniquement des soins exonérés.
Le deuxième vend aussi des biens.
Le troisième exerce une autre activité indépendante taxable.
Le quatrième bénéficie d’une franchise en base sur une activité distincte.
Dire simplement :
« les kinés ne sont pas concernés »
ou :
« tous les kinés doivent facturer électroniquement »
efface cette diversité.
L’analyse de l’Ordre est justement utile parce qu’elle ramène la question à la nature réelle des opérations.
Ce que les kinésithérapeutes doivent retenir
Depuis le 1er septembre 2026, la réforme est en vigueur.
Un kinésithérapeute réalisant uniquement des actes de soins exonérés de TVA n’a pas à transmettre ces actes dans le nouveau circuit de facturation électronique.
Mais il doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs via une plateforme agréée.
Le PDF envoyé par mail n’est pas une facture électronique au sens de la réforme.
Le statut de micro-entrepreneur ou la franchise en base de TVA ne suffit pas, à lui seul, à sortir une activité du dispositif.
Et lorsqu’un professionnel exerce plusieurs activités, certaines peuvent être hors champ et d’autres concernées.
La vraie question n’est donc pas :
« suis-je kiné ? »
Elle est :
« quelles opérations est-ce que je réalise, et quel est leur régime de TVA ? »
C’est cette distinction qui détermine les obligations.
Sources et références
- Conseil national de l’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes - Facturation électronique : quelles obligations pour les kinésithérapeutes ? (ouvre un site externe)
- Ministère de l’Économie - Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises (ouvre un site externe)
- impots.gouv.fr - Je n’émets pas de facture, ou je facture sans TVA : suis-je concerné ? (ouvre un site externe)
- impots.gouv.fr - Est-ce qu’une facture envoyée par mail est une facture électronique ? (ouvre un site externe)
- impots.gouv.fr - Facturation électronique et plateformes agréées (ouvre un site externe)
- impots.gouv.fr - Liste des plateformes agréées (ouvre un site externe)
- Ministère de l’Économie - La facturation électronique démarre aujourd’hui : priorité à l’accompagnement des entreprises (ouvre un site externe)
Professionnels associés
Des métiers du bien-être souvent sollicités pour ce type de besoin, à explorer avant de chercher près de chez vous.
Trouver un professionnel près de chez vous
Indiquez votre ville pour découvrir les professionnels disponibles près de chez vous.